经过50年的发展建设，特别是1999年以后，学校的办学实力和规模进一步提高。现在具有农、工、理、经、管、文、教、法等8个学科门类，29个二级学科。形成了以本科教育为主，具有研究生教育、本科教育、专科教育、成人教育、高等职业教育的多层次、多形式的办学体系。建校50年来，共为社会培养各类人才6万余名。
学校现有动物科学与医学学院、农学院、生态环境学院、机电工程学院、林学院、水利与土木建筑工程学院、林业工程学院、经济管理学院、食品科学与工程学院、计算机与信息工程学院、生物工程学院、人文社会科学学院、外国语言学院、理学院、研究生院（筹）、继续教育学院、中央农业干部教育培训中心内蒙古农业大学分院、国际教育学院以及职业技术学院共19个学院， 1个体育教学部，1个高等教育研究所。现有1个国家重点学科、8个自治区级重点学科，1个农业部重点学科，2个博士后科研流动站、6个一级学科博士学位授权点、33个二级学科博士学位授权点，有72个硕士学位授权点。有55个本科专业。其中蒙汉双语授课专业12个。在校生2.36万余人。其中，全日制硕士和博士研究生1495人。
学校拥有素质优良、结构合理的教师队伍，学校现有专任教师1210人。其中，教授153名、副教授379名。有博士生导师57名、硕士生导师265名；享受国家特殊津贴的专家71人；国家和自治区有突出贡献的中青年专家33人；有5人入选国家级百千万人才工程，有37人入选自治区“321人才工程”第一、第二层次，21人为自治区高等教育人才培养“111工程”第一、第二层次人选。
学校共有42个实验室，其中省部级重点实验室5个，有国家野外生态实验站1个，省部级工程中心3个，教学仪器设备总值1.47亿元。学校总面积911.78公顷，校舍建筑面积83.10万平方米。标准田径场（馆）4个。图书馆建筑面积2.94万平方米，藏书118.2万册。
学校面向经济建设主战场，坚持走“产学研”相结合的道路。近5年来，共承担国家、自治区级科研项目489项，项目经费1.15亿元，有68项研究成果分获国家、省部级科技进步奖。在研的国家自然科学基金项目100项，总经费1935.5万元。
学校加强对外交流，与美国、日本、俄罗斯、英国、加拿大、蒙古国等十几个国家的20余所大学、科研机构和民间组织建立了校际合作交流关系。
学校新时期办学的指导思想是:以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻党的教育方针和民族政策，坚持社会主义办学方向；转变教育思想，更新教育观念，以人才培养为根本任务，以改革为动力，以发展为主题，以本科教育为基础，以教学为中心，全面提高教育教学质量和办学效益；遵循教育规律，正确处理规模、结构、质量、效益的关系，促进学校可持续发展；贯彻“西部大开发”和“科教兴国”战略，发挥学校优势，服务“三农”，为自治区经济建设和社会发展服务。
学校目标定位：使学校成为自治区农牧林业高级科技人才培养基地、农牧林业科技创新基地和农牧林业科技成果转化基地；把学校建设成为位居自治区一流水平和全国同类院校先进行列的农业大学。
学校类型定位：以教学为主，积极创造条件，努力向教学研究型大学发展。
学校层次定位：以本科教育为主，积极发展研究生教育，适度发展职业技术教育。培养基础厚、口径宽、能力强、素质高，具有创新能力、实践能力和创业精神的以应用型为主的高级科技与管理人才。
学校学科定位：以农为主，农、工、理、经、管、文等多学科协调发展，形成适应自治区经济建设、社会发展需求的具有地区特点、民族特色、学科优势的学科专业群。
学校服务面向定位：立足内蒙古，服务“三农”，为自治区经济建设、社会发展和科技进步服务。
学校办学特色：学校在长期的办学过程中，充分利用内蒙古的地缘优势、资源优势、特殊的畜牧业经济优势为依托，形成了适应民族地区特点、突出以草原畜牧业为重点的办学特色。
现在，学校正在深化教育教学改革，以科学发展观为指导，科学制定“十一五”发展规划，努力提高办学质量和办学效益，培养基础厚、口径宽、能力强、素质高，具有创新能力、实践能力和创业精神的以应用型为主的高级科技管理人才，积极创造条件，努力向教学科研型大学发展。
