1980年，保护区加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网，并与世界野生生物基金会合作建立中国保护大熊猫研究中心。1983年3月经国务院批准，将卧龙保护区内汶川县的卧龙、耿达两个公社划定为汶川县卧龙特别行政区，实行部、省双重领导体制，由林业厅代管。同年7月，省政府、原林业部联合作出了将四川省汶川县卧龙特别行政区改为四川省汶川卧龙特别行政区的决定，与卧龙自然保护区管理局合署办公的综合管理体制。
卧龙自然保护区以“熊猫之乡”、“宝贵的生物基因库”、“天然动植物园”响誉中外，有着丰富的动植物资源和矿产资源。区内共分布着100多只大熊猫，约占全国总数的10%。被列为国家级重点保护的其它珍稀濒危动物金丝猴、羚牛等共有56种，其中属于国家一级重点保护的野生动物共有12种，二类保护动物 44种。据统计区内其它动物种类如：脊椎动物有450种，其中兽类103种，鸟类283种，两栖类21种，爬行类25种，鱼类18种；昆虫约1700种。据已采集的植物标本统计，区内植物有近4000种。高等植物1989种，在种子植物中，裸子植物20种，被子植物1604种。被列为国家级保护的珍贵濒危植物达24种，其中一级保护植物有珙桐、连香树、水清树，二级保护植物9种，三级保护植物13种。保护区内还有丰富的水能蕴藏量。
卧龙自然保护区地理条件独特、地貌类型复杂，风景秀丽、景型多样、气候宜人，集山、水、林、洞、险、峻、奇、秀于一体，还有浓郁的藏、羌民族文化。区内建有相当规模的大熊猫、小熊猫、金丝猴等国家保护动物繁殖场；有世界著名的“五一棚”大熊猫野外观测站;有国内迄今为止以单一生物物种为主建立的博物馆的大熊猫博物馆。
多年来，卧龙自然保护区着眼于建设一流的国家自然保护区目标，坚持保护和合理利用的方针，积极开展保护、科研、社区建设等工作，使大熊猫为主的野生动植物资源和高山生态系统得到有效保护。中国保护大熊猫研究中心自成立以来，通过不懈的努力，成功攻克了圈养大熊猫人工繁育工作中的“发情难、配种受孕难、幼仔成活难”的三大难关，人工繁殖大熊猫48胎、72仔、成活59仔，幼仔存活率已经连续5年达到100%。圈养大熊猫总数达到80余只，占世界圈养种群的60%。同时也培养锻炼出了一支世界上最具活力的大熊猫科研队伍。已出学术专著8部，发表科研论文200多篇，有4项获部、省科技成果奖，有5人次获优秀科技论文奖。并在全世界范围内开展了大熊猫认养活动，保护区积极寻求对外合作，建立合作开发机制。目前，区内经济得到有效发展，人民生活水平显著提高，2004年全区人均收入达2074.39 元,比2003年增加234.21元。基础设施建设发生根本性改善，保护区的建设和发展向符合中国国情的良性循环方向发展。
卧龙自然保护区——熊猫的故乡，位于四姑娘山东麓的皮条沟两岸。皮条沟又名卧龙沟，沟内河流称皮条河，水流湍急，一泻千里，汇入绵江后经岷江流入长江。河流两岸，峡峰对峙。河中岩石高达三四米，矗立江心，经倾泻的河水撞击激起朵朵浪花，犹如碎玉飞琼，景色十分雄伟壮观。
门票：进山费15元，大熊猫馆30元，小熊猫馆5元，英雄沟25元。
位置：位于四姑娘山东麓的皮条沟两岸。
面积：约70万公顷
卧龙保护区处于邛崃山脉东麓，青藏高原向四川盆地过渡地带的高山峡谷区，5000米以上的高山就有101座，最高峰四姑娘山海拔6250米。沟内最低海拔1150米，相对高差5100米。这里峰峦重叠、云雾缭绕，原始森林、次生灌木林、箭竹林郁郁葱葱。保护区内有各种植物三、四千种，有四川红杉，金钱槭等珍贵植物；有各种兽类50多种，鸟类300多种，属国家保护的珍贵动物就达29种。 卧龙是动物“活化石”大熊猫生存和繁衍后代理想的地区。这里地势较高而湿润，十分适宜大熊猫的主要食物——箭竹和桦桔竹的生长。卧龙自然保护区已列为联合国国际生物圈保护区，设有大熊猫研究中心和大熊猫野外生态观察站。 目前卧龙自然保护区开发的旅游点主要有：动植物标本馆，馆藏本地植物标本2170号、鸟类标本225号、兽类56号、昆虫700号、鱼类6号，两栖爬行类17号；核桃坪大熊猫饲养繁殖场和全世界唯一的大熊猫研究中心，拥有6个实验室，是观赏、了解大熊猫的好地方。此外，还有英雄沟、银厂沟等游览点，景色秀丽，偶尔还可见到野生大熊猫。
