曹溪寺乃具有宋代建筑风格的古寺，这是上世纪40年代初，建筑学家梁思成游寺的观感。该寺大殿正面“西方三圣”（阿弥陀佛中坐，观音、大势至两菩萨左右胁侍），壁后“华严三圣”（释迦中坐，文殊、普贤胁侍）木雕像，1956年经全国佛协副会长周叔伽鉴定，乃宋代遗物。据此可以认定，寺始建于宋代大理国时期
。
简介安宁曹溪寺的同时，不能不提到与寺有关的“圣水”。
曹溪寺早期情况，文献中未见提及。明嘉靖十二年（1533年），五叶禅师道成重修寺宇后，请留居寺内的杨慎写了《重修曹溪寺记》（碑现存后殿）。杨氏指出：此寺是佛教禅宗六祖慧能的道场，和慧能驻地的曹溪水借喻“法流”一脉相承，接着就介绍寺附近有小泉（后人习称“圣水” ），每天三次流量特别大（“来潮”）。后人在泉下凿池蓄水。相传“来潮”时，“泉神金酴”（蟾蜍）也在池中出现。
杨慎叙述寺的兴衰前，特别把上述现象称为“异境”，看来不无道理。慧能（638年～713年）乃初唐高僧，继承禅宗五祖弘忍衣钵，在广东韶州曹溪宝林寺传法，倡“顿悟法门”，开创了禅宗的南宗一派，信徒特多。南禅宗传播甚广，影响深远。是否因六祖驻地有曹溪，安宁也有“圣水”，信徒们从而兴建了曹溪寺，抑或寺建成后，借六祖驻地曹溪作为寺名？值得进一步研究。
在杨慎笔下，曹溪寺全盛时期，楼殿矗立，僧俗诵经之声此落彼起，寺管田产片片相连，每年的田租收入可观，寺里供应的斋饭，一顿几乎有千人就食。因兵燹破坏，寺宇塌毁，僧众星散，经籍碑刻荡然无存。曹溪寺由盛转衰，当年的声名逐渐被人淡忘，直至道成禅师大修后，又由衰转盛。
“圣水”距寺不远，位于从寺下山，转入第一个山箐北行不远的林丛中。隆庆二年（1568年）冬，滇抚陈大宾所写五律《游曹溪寺》的三四两句“圣水三潮异”句注：“四海之水，皆日夜再潮，独此寺有小泉，一日三潮。”曹溪一派同句注：“六祖曹溪，原在岭南。”说明当时确把“圣水”视为寺的组成部分。从此，“圣水”、“圣泉”之称广泛出现，“圣水三潮”也就成为安宁一景了。
曹溪寺中有元代所植的昙树和梅树，夏秋之际，古树繁花，为古寺增色。昙花，多在夏季晚间开放，仅一小时左右即谢，不易见及。道成禅师重修寺宇后，鉴于昙花花期极短，开放时异香扑鼻，因在树左辟出宝华阁。嘉靖二十二年（1543年），杨慎再次游寺，看到“昙花一现”景观，又写下古色古香的辞赋体《宝华阁记》，刻碑于寺内（此碑有剥蚀，现存碑廊）。碑文赞颂此花乃“天宫分种”，祥瑞所钟，同时表扬道成精通佛法，能修复名寺。
曹溪寺“法灯复明”后，吸引着不少文士，前来诵读“庄介遗碑”（指上述杨慎两碑，按杨氏去世后，学术界私谥之为“庄介”），佛教徒则来烧香礼佛。万历（1573年～1620年）年间，先后两次有人舍金购田，捐为寺产。
崇祯十一年（1638年）十月，徐霞客游曹溪寺。在大门口见杨慎两碑并立，就忙着入寺觅纸抄碑。次晨，在党姓秀才导引下找到山下大树根脚向南流入石质月池的“圣水”。徐氏在《游记》中写道：他来时“早潮已过，午潮未至。此正当缩时，而其流亦不绝。”他认为，来潮时水流可能“更涌而大”。在泉畔，徐氏看到新建不久的“问潮亭”，万历后期云南巡按张凤翮写有碑记。后来，朱寿琳还建立了“海潮分派”坊。 
经过明清之际的战火，曹溪寺再次衰败。清康熙二十九年（1690年）云贵总督范承勋游寺，得见被伐的昙花树根萌出新枝，便捐建了三间“护花山房”。云南按察使佟世雍则发动全省官员捐俸，重修曹溪寺。康熙三十三年（1694年），全寺大修竣工，范承勋和滇抚王继文（继任总督）写有碑记。佟氏除题书“天涵宝月”悬于正殿外，并建有傍花楼，写有《傍花楼记》。王继文且重修圣水三潮泉亭，亲题“吐纳灵潮”。
曹溪寺大殿重檐间，凿有一个直径42厘米的圆孔。民间相传，农历每年春分、秋分节令期间，月出时月光由圆孔透入，能正照在阿弥陀佛的胸前。清初所修《安宁州志》，首见“有每二、八望夕（按二月八月十五日前后，多为春分、秋分时节），月照佛胸，其圆如镜”的记载。后人由而派生出此一景观，每60年始能一见，且与昆明“金碧交辉”同时出现的异说。由于地球在天空的位置变化，并不以60年为一周期，故后说没有科学根据。
1983年，曹溪寺管理处的许椿萱君告诉我，他住寺期间，多次察看“月映佛胸”景象，都没有得见。一次春分期间，却偶然看到“日映佛胸”。我当时联系民间旧传的“二分说”，觉得春分秋分时节，昼夜同长，“日映”极有可能。因撰写短文，发表于同年第4期《科学之窗》杂志。云
南天文台张柏荣君看到拙文后，测出次年可见“日映”七次的准确时间，在1984年第1期《科学之窗》上披露。1990年，云南天文台测出3月17日到21日，可见“日映佛胸”。3月19日，该台部分工作人员和市建委档案管理处的刘青，专车赶往观看。当天上午7点10分，太阳出山。7点39分，阳光投影由大佛右耳、右唇角经下颚，7点56分到8点02分之间，移至胸前。8点19分，“正照佛胸”景观消失。刘青事后写有报道。虽然不是“月映”，但至少说明，早年有关“二分”传闻，决非子虚乌有。此一问题，留待后人继续研究。
康熙四十一年（1702年），云贵总督巴锡之子鹤寿游寺，又捐资把大殿后的万寿阁扩修为后殿，还捐献了一个大铜香炉。同年，云南巡抚石文晟拨田百亩，交由住持寂杲经管，作为寺产，供全寺30多名僧人和游方和尚的生活费用，以及寺中油烛之需。
来寺的人，都会访问“圣水三潮”。后来，池上方设置石质张口龙头，龙口内放置石珠，泉水从龙口下注池内。流势较大时，激荡龙珠发响。
康熙以后，曹溪寺不时得到维修。从清代到民国，始终是百姓游息、信徒礼佛的胜地。1924年，昆明市政督办张维翰（去台后任监察院代理院长）来游，应地方之请，亲题寺名，悬挂至今。1943年，原交通部技术厅机务室驻寺期间，通过测算，设计制作出“曹溪日晷”。到1944年，寺宇又出现旧朽。住持和尚慈济因向外募捐修寺，并在昆明《观察报》刊登启事，接受捐款。省主席龙云一次来游，获悉此一情况后，令昆明、安宁两市县调查寺产。查得昆明业已倒塌的羊神庙，乃曹溪寺公产。于是命昆明出卖羊神庙地产，作为修寺之需。龙氏且扩修了寺左上的珍珠泉，开发水利，灌溉山间田亩。同时修整了从山脚到珍珠泉的汽车路。
中华人民共和国成立后，人民政府对全寺进行维修。1956年宣布曹溪寺为省级重点文物保护单位，成立管理处加强管理。改革开放以来，寺内彩画一新。并绘有《九龙图》、《西游记》组画，装饰门头壁间。现存的一些碑刻，陈列于碑廊，供人鉴赏。其中崇祯御笔“松风水月”，乃民国年间由省外拓片来滇翻刻。
现存后殿“南海三圣”中坐的铜观音，线条柔美，造型端庄慈蔼，极具观赏价值。传闻唐继尧执政时，华亭寺僧虚云认识此像乃艺术精品，拟将之移往华亭寺，后经地方抵制，始保留下来。
